El objetivo de este curso es familiarizar a los estudiantes con las herramientas bioinformáticas básicas más importantes y de uso frecuente en el área. Se abordarán temas como el sistema operativo Linux, bases de datos biológicas, manejo de secuencias y genomas, alineamientos y automatización de tareas con scripts.
El Plan de clases detallado con actividades, recursos, plantillas, material de lectura esta disponible en pdf. Aquí listamos la organización de los temas y las habilidades que el alumno debe lograr.
| Tema | Objetivo |
|---|---|
| Markdown | a) Los alumnos deberán conocer y usar un estándar (markdown) para la
creación de documentos textos con formato, muy usado unix y
bioinformática. b) El alumno debe entender las fases del análisis de datos necesarias al abordar un problema en bioinformática. |
| Buenas Practicas | a) El alumno deben comprender la importancia de las buenas prácticas
en el análisis de datos (FAIR datos, FAIR software). b) El alumno debe Identificar/crear los medatados de los datos a usar en proyectos de análisis bioinformáticos. c) El alumno debe Identificar/crear los metadatos del software a usar en proyectos de análisis bioinformáticos. |
| El shell y protocolos de internet. | a) El alumnos debe comprender que es unix y para que se usa. b) El alumno debe comprender los protocolos que existen de intercambio de datos en internet. c) El alumno debe comprender y usar el protocolo de transferencia de archivos y acceso a servidores remotos. |
| El shell: Sistema de archivos y comandos básicos de navegación. | a) El alumnos debe entender y saber desplazarse en el sistema de
archivos en unix ( diapo 39 - 60) b) El alumnos debe conocer los comandos usados para las operaciones básicas de archivos y directorios. |
| El shell: Tipos de archivos y operaciones básicas. | a) El alumno debe entender los tipos de archivos, visualizar su
contenido y como se manejan en unix. b) El alumnos debe saber comprimir/descomprimir archivos. c) El alumno debe comprender el uso de permisos en la estructura de archivos de unix. |
| Dogma Central y Formatos de secuencias biológicas. DB: Genbank. | a) Lxs alumnxs deberán ser capaces de comprender el dogma central de
la biología, los formatos de secuencias biológicas. b) Los alumnos deben comprender los conceptos relacionados a bases de datos, como ID, registro, propiedades, etc. c) El alumno explorará la base de datos GenBank. |
| DB: Genomes y PubMed. Archivos: Descarga, Integridad y Visualización. | a) El alumno conocerán los comandos para descargar secuencias, ver
los archivos de secuencias y generar nuevos archivos. b) El alumno conocerá la base de datos PubMed y Genomes. c) El alumno debe comprender la importancia de la integridad en la descarga de archivos. |
| Archivos: Visualizar, Editar y Crear | a) El alumno debe aprender a usar los comandos para visualizar el
contenido de un archivo. b) El alumno debe aprender a usar editores de texto en el servidor |
| Procesos | a) El alumno debe comprender el manejo de procesos en unix. |
| redireccionamientos y tuberias | a) El alumno debe aprender a usar los rediccionamientos y tuberias en unix para tareas en bioinformática. |
| Análisis de un Genoma: comandos para el análisis de archivos fasta y GFF. | a) El alumno deberá aplicar los conocimientos adquiridos previamente para el análisis de un genoma. |
| Análisis de un Genoma: patrones y filtros | a) El alumno deberá aplicar el uso de patrones para filtrar información de un archivo GFF o fastA |
| Análisis de Genomas: Expresiones regulares | a) El alumno deberá aprender las expresiones regulares y aplicarlas para filtrar información genética. |
| Sustituciones | El alumno aprenderá como realizar sustituciones y transformaciones de datos. |
| Base de datos ensembl y Formateo de datos con awk | a) El alumno debe ser capaz de aplicar filtros y reformatear
archivos de datos con awk. b) El alumno conocerá la base de datos ensembl y aprenderá a usar biomart. |
| Alineamientos | a) El alumno debe ser capaz de entender el concepto de similitud entre secuencias. |
| Blast, variables y scripts | a) El alumno debe ser capaz de entender el uso de blast y el uso de variable y scripts en unix. |
| Homología y ciclos | a) El alumno debe ser capaz de entender el uso de ciclos |
LI Heladia Salgado
- Entidad académica: Programa de Genómica
Computacional, Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
- Correo electrónico: heladia@ccg.unam.mx